Moták lužní je v České republice chráněn zákonem č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů, jako zvláště chráněný druh. Vyhláška Ministerstva životního prostředí č. 395/1992 Sb., jej řadí mezi silně ohrožené druhy živočichů. V Červené knize České republiky je zařazen jako druh ohrožený (Šťastný & Bejček 2003). V rámci legislativní ochrany Evropské unie je druh zařazen v příloze I Směrnice o ochraně volně žijících ptáků (č. 2009/147/EC). Jelikož moták lužní svá hnízdiště mění (ve vazbě na výskyt vhodných zemědělských kultur a nabídku potravy) a jeho populace kolísá, nebyla pro tento druh v České republice vyhlášena ptačí oblast (Hora et al. 2010).